孫氏認為“人命至重，有貴千金，一方濟之，德逾于此”，故將他自己的兩部著作均冠以“千金”二宇，名《千金要方》和《千金翼方》。他汲取《黃帝內經》關于臟腑的學說，在《千金要方》中第一次完整地提出了以臟腑寒熱虛實為中心的雜病分類辨治法；在整理和研究張仲景《傷寒論》后，將傷寒歸為十二論，傷寒禁忌十五條，為后世研究《傷寒雜病論》提供了可循的門徑，尤其對廣義傷寒增加了更具體的內容。他創立了從方、證、治三方面研究《傷寒雜病論》的方法，開后世以方類證的先河。

《千金要方》

《千金要方》三十卷，全書合方、論五千三百首，集方廣泛，內容豐富，書中內容既有診法、證候等醫學理論，又有內、外、婦、兒等臨床各科；分二百三十二門，已接近現代臨床醫學的分類方法。既涉及解毒、急救、養生、食療，又涉及針灸、按摩、導引、吐納，可謂是對唐代以前中醫學發展的一次很好的總結�！肚Ы鹨�方》是中國唐代醫學發展中具有代表性的巨著，對后世醫學特別是方劑學的發展，有著明顯的影響和貢獻；并對日本、朝鮮醫學之發展也有積極的作用�！肚Ы鹨�方》是中國最早的醫學百科全書，從基礎理論到臨床各科，理、法、方、藥齊備。一類是典籍資料，一類是民間單方驗方，時至今日，很多內容仍起著指導作用�！肚Ы鹨�方》是對方劑學發展的巨大貢獻。書中收集了從張仲景時代直至孫思邈的臨床經驗，歷數百年的方劑成就，特別是源流各異的方劑用藥，顯示出孫思邈的博極醫源和精湛醫技。后人稱《千金方》為方書之祖。 

《千金翼方》三十卷，是孫思邈晚年著作，系對《千金要方》的全面補充。全書分一百八十九門，合方、論、法二千九百余首，內容涉及本草、婦人、傷寒、小兒、養性、補益、中風、雜病、瘡癰、色脈以及針灸等各個方面，尤以治療傷寒、中風、雜病和瘡癰最見療效。書中收載的800余種藥物當中，有200余種詳細介紹了有關藥物的采集和炮制等相關知識。尤其值得一提的是，書中將晉唐時期已經散失到民間的《傷寒論》條文收錄其中，單獨構成九、十兩卷，成為唐代僅有的《傷寒論》研究性著作，對于《傷寒論》條文的保存和流傳起到了積極的推動作用。  

醫德

孫思邈重視醫德，不分“貴賤貧富，長幼妍蚩，怨親善友，華夷愚智”，皆一視同仁。聲言“人命至重，有貴千金”。他認為，醫生須以解除病人痛苦為唯一職責，其它則“無欲無求”，對病人一視同仁“皆如至尊”，“華夷愚智，普同一等”。他身體力行，一心赴救，不慕名利，用畢生精力實現了自己的道家醫德思想，是中國醫德思想的創始人。孫思邈的名著《千金方》中，也把“大醫精誠”的醫德規范放在了極其重要的位置上來專門立題，重點討論。而他本人，也是以德養性、以德養身、德藝雙馨的代表人物之一。

孫思邈具有高尚的醫德，一切以治病救人為先。他關心人民的疾病痛苦，處處為患者著想，對前來求醫的人，不分高貴低賤、貧富老幼，親近疏遠，皆平等相待。他出外治病，不分晝夜，不避寒暑，不顧饑渴和疲勞，全力以赴。臨床時，精神集中，認真負責，不草率從事，不考慮個人得失，不嫌臟臭污穢，專心救護。特別是他提倡醫生治病時，不能借機索要財物，應該無欲無求。他這種高尚的醫德，實為后世之楷模，千余年來，一直受中國人民和醫學工作者所稱頌，被尊稱為“藥王”。

孫思邈不用動物入藥。他說：“自古名賢治病，多用生命以濟危急，雖曰賤畜貴人，至于愛命人畜一也。損彼益己，物情同患，況于人呼！夫殺生求生，去生更遠。吾今此方所以不用生命為藥者，良由此也�！�